교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단 등이 아닐 경우 사단 또는 재단으로 볼 수 없다. 다만 국세기본법 규정에 따라 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 경우는 세법 상 법인으로 보며 그 외의 경우에는 1거주자로 개인으로 보아 소득세법을 적용한다.
A 교회는 법인으로 보는 단체의 승인을 받지 않은 상태에서 2014년 담임목사 사택을 취득하고, 7년간 사용한 후 2021년 이 건 사택을 양도하고 양도소득세를 신고 납부하였으나, 청구교회는 법인으로 보는 단체에 해당한다며, 교회운영규정, 대표자증명, 고유번호증을 제출하면서, 이 건 사택을 담임목사가 3년 이상 거주하여 고유목적에 사용한 사택으로, 이를 양도하였으므로 법인세법 규정에 따라 양도차익이 비과세 되어야 한다며 기 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다. 그러나 과세관청은 교회가 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다며, 기 납부한 양도소득세 경정청구를 거부했다.
종교단체인 교회는 재단법인이 설립된 경우를 제외하고는 사단으로 보아야 하며, 세법상 법인으로 보는 단체의 승인을 받아야 법인으로 볼 수 있고, 비영리법인은 청산 시 잔여재산을 다른 비영리법인이나 국가 등에 기부하여야 하는 반면, 개인교회는 이러한 의무가 없어 잔여재산을 임의로 처분하여 소유할 수 있으므로, 개인과 달리 비영리법인의 고유목적사업용 자산의 처분이익에 대하여 법 소정 요건충족 시 비과세하는 것이다. 교회가 지방자치단체로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것은 세법상 주무관청에의 등록에 해당하지 않고, 단지 소유권등기 시 소유자를 명확히 하기 위하여 부동산 등기규정에 따라 부여받은 것으로, 이 건 부동산 양도 시 세법에 따라 법인으로 보는 단체로 승인 받지 않은 이상, 개인 교회로 보아야 한다고 하였다. 심판 역시 교회가 관할세무서에 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 사실이 없어 1거주자임을 전제로 소득세법상 양도소득세의 납세의무가 있다고 결정하였다.
02)742-6241~2
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사