A교회는 종교행위를 목적으로 부동산(토지 및 건물)을 취득한 후 지방세특례제한법에 따라 종교단체가 종교용으로 취득하는 부동산으로 과세관청에 신고하여 취득세를 면제받았다.
이에 과세관청은 교회가 부동산을 취득하고 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 건물을 멸실하자 이를 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 부과 고지하였다.
A교회는 교회 건물을 새로이 신축하기 위하여 건물을 철거한 것으로 다른 용도로 사용하는 경우로 볼 수 없다고 불복하여 이의 신청을 하였다.
쟁점부동산에 건물은 건축된 지 40년이 지난 건물로 다른 교회가 재단에 편입하여 종교용으로 사용하던 중, A교회가 재단(실소유자 다른 교회)으로부터 증여로 취득하였으나, 건물이 노후되어 유지보수비용이 과대하게 소요되므로 신축하기로 하여 취득 후 2년 이내인 상태에서 멸실한 건물로서, 종교용으로 사용한 기간은 취득하기 전 실제 종교용으로 사용한 기간까지 포함되어야 하므로 사용한 기간이 10년을 초과한다고 주장을 하였다.
과세관청은 다른 용도로 사용이라 함은 당초 감면 요건을 충족하였으나, 최소 사용기간(2년) 이내 해당 부동산을 감면 받은 목적이나 용도로 직접 사용하지 않고, 제3자에게 임대하거나 철거, 멸실하여 감면 목적물이 소멸함으로써 직접 사용이 불가능하게 된 경우를 포함한다 할 것이며, 종교용으로 사용한 기간은 A 교회가 취득한 날을 기준으로 하여 지방세특례제한법상 직접 사용기간을 계산하여야 하므로 건물을 멸실한 날까지 직접 사용한 기간이 2년 미만으로 보아야 한다.
따라서 A 교회는 이 건 부동산을 취득하고 종교목적으로 사용하였으나 2년 이내에 건물을 멸실하였으므로 취득일로부터 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아야 한다고 거부하였다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사