A교회는 지역 복음화를 위해 교회개척을 통한 지교회 설립을 목적으로 지교회 부지 구입과 건축비용 일체를 지원하기로 하고, 임시 당회가 의결해 지교회 설립을 위한 쟁점부동산 매입을 정기당회에서 쟁점부동산의 취득과 목회자 청빙까지 결의했다.
A교회는 과세관청에 지교회의 설립의 관련 절차와 운영이 실질적으로 A 교회를 통해 이루어지고 있으므로, A 교회가 쟁점부동산을 지교회를 통해 직접 사용하는 것으로 보아, 이미 납부한 취득세 등을 환급해 달라는 경정청구를 했다.
이에 과세관청은 A교회와 지교회는 별도의 정관 또는 규약과 별도로 선출된 대표자 및 신도를 가지고 있고, 그 소재지를 달리하고 있으므로 A 교회와 지교회는 각각의 종교단체로서 동일한 종교단체로 보기 어렵다 할 것이며, A교회는 지교회와 쟁점부동산에 대해 무상임대차 계약을 체결해 종교시설로 사용한 점 등을 종합해 볼 때 감면요건에 해당하지 않는다며 경정청구를 거부했다.
A교회는 과세관청의 경정청구 거부에 따라 조세심판원에 심판청구를 했다. 조세심판원은 이상의 사실관계 및 관계 법령 등을 종합해 볼 때, 청구법인은 지교회가 쟁점부동산을 종교용으로 사용한 것을 A교회의 직접 사용으로 보아야 한다고 주장하나, 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 종교단체가 부동산을 그 용도에 직접 사용한다고 함은 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 동 단체의 업무 자체에 직접 사용하는 것을 의미한다 할 것으로, 청구법인과 지교회는 별도의 사업자등록을 하고, 정관 또는 규약, 별도의 선출된 대표자 및 신도 등을 가지고 있고, 그 소재지를 달리하고 있으므로, 별개의 법인격을 가지는 종교단체로 보이는 점, 청구법인과 지교회는 쟁점부동산에 대해 무상임대차 계약을 체결해 지교회가 종교시설로 사용하고 있으므로 청구법인이 직접 사용하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비춰 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 결정했다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사