A 종교단체(청구법인)는 고유번호증을 부여 받고 수익사업을 위해 사업자등록증을 교부받은 비영리내국법인이다.
청구법인은 보유하고 있던 토지가 수용되어 양도소득세 예정신고 안내문에 따라 대표자 명의로 양도소득세를 신고 납부하였으나, 법인세법에 따라 자산양도소득 신고특례를 적용하여 쟁점토지의 양도소득을 토지 등 양도소득세에 대한 법인세 과세표준 신고하면서, 쟁점 납부세액을 기납부세액으로 공제하여 법인세를 신고하였다. 이에 처분청은 수익사업이 있는 비영리법인이므로 법인세법의 규정에 의한 자산양도소득에 대한 신고특례 적용대상이 아니고, 자산양도소득에 대하여 일반 법인과 마찬가지로 법인세법에 60조에 따라 과세표준을 신고하여야 한다. 이 건은 대표자가 양도소득세로 소득세법에 따라 신고 납부한 양도소득세일 뿐 법인세를 신고 납부한 것이 아니며, 양도소득세와 법인세는 각각 별개의 세목이므로, 대표자가 신고 납부한 양도소득세를 청구법인의 기납부세액으로 볼 수 없다. 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납부 등 각종의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.
청구법인은 임대소득이 있어 매년 법인세 신고를 하고 있으므로 자산 양도시 법인세로 신고하여야 하는 것을 알 수 있었고, 쟁점토지 양도에 대해서만 대표자 개인 명의로 양도소득세를 신고 납부한 바, 이는 단순 법령의 부지로 보이고, 법인세 신고 시 양도소득세를 잘못 신고하였음을 인지하였고, 이를 바로 잡을 기회가 있었음에도 청구법인 임의로 기납부세액으로 공제한 것이므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 판단할 수 없다고 했으며, 처분청의 양도소득세 예정신고 안내문에 따라 대표자가 양도소득세를 신고 납부하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되어야 한다고 주장하나 신고 안내문은 납세의무자에게 신고 및 납부의 편의를 제공하기 위하여 제공되는 것에 불과한 점으로 과소신고 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다고 판단했다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사