교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단 등이 아닐 경우 사단 또는 재단으로 볼 수 없다. 다만 국세기본법 규정에 따라 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 경우는 세법 상 법인으로 보며, 그 외의 경우에는 1거주자로 보아 개인에 해당한다.
A 교회는 대한예수교장로회총회 산하 소속교회로 2014년 담임목사 사택을 취득하고 대한예수교장로회대표목사 명의로 소유권을 등기하였으며, 7년간 담임목사가 거주하였다. 이 후 2021년 이 건 사택을 양도하고 양도소득세를 신고 납부하였으나, 교회는 법인으로 보는 단체에 해당하고, 이 건 사택을 담임목사가 3년 이상 거주하여 고유목적에 사용한 후 양도하였으므로, 양도차익이 비과세 되어야 한다며 기 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 제기하였다.
교회는 경정청구를 하면서 청구교회는 사실상 법인으로 보는 단체에 해당한다며 국세기본법상 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 경우 등기가 되지 아니하더라도 법인으로 보는 단체에 해당하고, 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 경우 법인으로 보는 단체로 본다고 규정하고 있다며, 청구교회는 단체의 조직, 운영을 가지고 대표자가 선임되어 있으며, 수익과 재산을 단체 자신의 명의로 독립적으로 소유, 관리하고 단체의 수익을 구성원에 분배하지 않는다는 규정을 가지고 있어 법인으로 보는 단체에 해당된다고 주장하였다.
국세기본법상 세무서장의 승인을 받은 경우 법인으로 보는 단체에 해당하나, 승인을 받아 법인으로 인정되는 교회와 승인을 받지 않아 1거주자로 간주되는 교회 간에 실질적으로 별다른 차이가 존재하지 않음에도 불구하고, 법인격을 서로 달리 보아 양도소득세를 부담해야 한다는 것은, 과세 형평성을 훼손하고 국가 부가원칙에 위배된다고 했다.
과세관청은 이 건 교회는 종교법인 산하의 종파에 소속되어 있으나 회계 등 운영이 독립적으로 운영되는 개인교회이고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며, 교인들은 교회활동의 목적범위 내에서 교회재산을 사용, 수익할 수 있다할 것이므로 재단법인이 설립된 경우를 제외하고 사단으로 보아야 한다.(다음회)
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사