법인으로 보는 단체가 부동산을 처분하고 고유목적사업에 직접 사용하지 아니 했으므로 양도소득세로 신고 납부했다. 이후 경정청구 기한 내에 법인세과세표준으로 계산해 법인세로 적용해 변경해 달라는 경정청구를 했다. 이에 처분청은 경정청구 대상이 아닌 법인세과세표준의 기한 후 신고로 보아 청구법인에게 이 건 법인세과세표준 신고 납부에 무신고가산세 및 납부지연가산세를 부과했다. 사업소득(수익사업)이 없는 비영리법인의 자산양도소득에 대해 법인세로 신고하거나, 양도소득세로 계산한 세액을 법인세로 납부할 수 있다고 규정하고 있다. 회계장부 등을 제대로 갖추지 못한 비영리법인의 경우 자산양도소득에 대해 특례규정을 두어 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법과 법인세 신고 방식을 선택해 적용받을 수 있도록 한 것이다.
청구법인은 쟁점토지 양도소득에 대해 개인 납세자와 같이 양도소득과세표준 신고서를 기한 내에 신고했으므로, 이를 청구법인이 비영리법인의 양도소득과세표준예정신고서를 제출한 것으로 특례규정에 따라 법인세를 정상적으로 신고한 것으로 보아야 한다고 주장했다. 청구법인은 특례규정에 따라 정상적으로 예정 신고한 법인세를 법인세법에 따른 과세표준으로 계산한 법인세로 변경해 경정청구를 했다.
이에 처분청은 특례규정에서 법인세과세표준신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 양도소득과세표준에 양도소득세율을 적용해 계산한 금액을 법인세로 납부해야 한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 납세자 번호를 달리해 부동산등기용등록번호로 신고하고 개인의 양도소득세 세목으로(세목코드22) 세금을 납부했으므로 법인세를 예정, 신고 납부한 것으로 볼 수 없다 했다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사