비영리내국법인의 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입은 과세대상 소득이나, 고유목적사업에 처분일 현재 3년 이상 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 수입은 제외하고 있다. 따라서 수익사업 또는 고유목적에 직접 사용하지 아니한 자산은 과세대상이다. 이때 비영리단체인 교회가 고유번호증을 개인단체(#89)로 등록 되었을 경우에는 고유목적사업에 사용 여부를 떠나 양도소득세가 과세된다. 다만 법인으로 보는 단체(#82)로 등록된 경우 과세대상이 되는 부동산을 처분할 때 발생하는 양도차익에 대해 양도소득세 또는 법인세로 선택해 과세표준을 신고할 수 있다.
법인세로 과세표준의 신고를 하지 아니한 경우에는 자산양도소득에 대해서는 개인과 마찬가지로 양도소득세과세표준과 세액을 계산해 법인세로 납부해야 한다.
양도소득세과세표준은 자산의 양도로 인해 발생한 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 공제하고 장기보유 특별공제와 양도소득 기본공제를 한다.
다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(증여)받은 비영리내국법인이 그 자산을 3년 이내에 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 법인으로 보는 단체의 경우에 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. 실례로 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 지적 재조사에 관한 특별법에 따라 경계의 확정으로 지적 공부상 면적이 감소되어 지급받은 수입에 대해 자산양도신고에 대한 특례를 선택해 소득세법에 따른 과세표준에 세액을 계산해 법인세로 납부할 수 있다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사