원고인 A 교회는 교회 부동산을 처분하고 양도소득세를 자진 신고 납부했다. 그후 교회는 법인으로 보는 단체로 고유번호증을 발급받고, 쟁점 부동산이 고유목적사업에 3년 이상 계속 사용된 부동산이므로 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도에 처분이익이 귀속되므로 양도소득세 자진납부세액을 경정 청구했으나 과세관청이 거부하므로 법원에 청구 소를 제기했다.
법원은 이 사건 토지의 양도소득에 관해 원고가 처분일이 속하는 과세연도의 법인세를 법정신고, 납부기한까지 신고, 납부하지 않았더라도 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.
이 사건 토지의 양도차익에 대해 이를 비영리내국법인인 원고의 해당 사업연도의 소득에 해당하는 것으로 볼 수 있어, 법인세법의 적용대상이 성립한다. 즉 양도소득세와 법인세 모두 기본적으로 이 사건 토지의 양도차익을 과세대상으로 한다는 공통점이 있다.
그런데 원고는 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 것은 소득세법에 따라 양도소득세의 신고, 납부를 완료한 이후의 일이다. 또한 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 토지의 양도차익에 관해 법인세법의 적용 여부가 명확하지 아니하고 원고가 소득세법에 따라 기 납부한 양도소득세 금액은 법인세법의 적용 대상이 될 경우 납부해야 할 세액을 초과하고 있기도 한 상황이었다. 법인세 신고가 되지 않은 것이 원고 스스로 이 사건 토지의 양도차익이 법인세법상 과세대상에 해당한다고 보아 법인세로 신고, 납부할 것을 기대하기는 어렵다.
조세심판 단계에서 법인세법의 적용을 받을 경우 이 사건 토지의 양도차익에 관해 문제되는 양도소득세 내지 법인세가 면제될 수 있다는 취지의 주장을 했다. 조세심판원은 양도소득세 부분은 받아들이지 않으면서 이 주장을 받아들였다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사