원고인 A 교회는 교회 부동산을 처분하고 양도소득세를 자진, 신고 납부했다. 그 후 교회는 법인으로 보는 단체로 고유번호증을 발급받고, 쟁점 부동산이 고유목적사업에 3년 이상 계속 사용된 부동산임으로 법인으로 보는 단체의 최초 사업연도에 처분이익이 귀속되므로, 양도소득세 자진납부세액을 경정 청구 했으나 과세관청이 거부하므로 법원에 청구 소를 제기했다.
원고는 이 사건 토지의 양도차익에 관해 이 사건 토지의 처분시기를 매매계약일 혹은 이전등기일 중 어느 것으로 볼 것인지에 따라 법인세법의 적용을 받을 수 있는지 여부가 달라질 수 있었고, 실제로 원고가 양도소득세 일부 환급을 구하는 과정에서 심판청구를 했을 당시 법인세법상 소득 발생 시점을 이 사건 매매 계약일을 기준해야 한다는 이유로 원고가 법인세법의 적용을 받아 법인세를 납부할 수 없다는 의견을 밝힌 바 있다.
법원은 이 사건 토지의 취득일은 대금청산일이 분명하지 않으므로 소유권 이전등기 접수일이 되고, 이를 기준으로 해 양도소득세를 산출하면 원고의 경정청구와 같으므로 이를 거부한 처분은 위법해 취소되어야 한다.
원고의 최초 사업연도 개시일은 원칙적으로 법인으로 보는 단체 승인일이지만, 원고의 최초 사업연도 개시일 전에 생긴 손익인 쟁점토지의 양도이익을 사실상 법인으로 보는 단체에 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 없으며, 이 사건 토지 양도일을 최초 사업연도의 개시일로 보더라도 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않으므로, 이 사건 토지 처분일 현재 3년 이상 계속해 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 토지를 처분함으로써, 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다고 판결했다.
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사