청구법인은 10년 전부터 정식인가를 받지 않았지만 주무관청으로부터 실제 지휘감독을 받고 있었으므로 허가 또는 인가를 받은 것으로 보아야 한다며 주무관청인 교육청과 구청으로부터 실태조사 및 안전진단점검, 진로진학상담계획알림, 교육시설조사 등 설립시점부터 계속하여 공문 및 지침을 하달 받는 등 주무관청으로부터 실제 지휘감독을 받았다.
부가가치세법상 주무관청의 허가 또는 인가함은 관련법령에 의하여 시설, 교습과정, 정원 등에 대한 일정한 자격을 갖추어 주무관청으로부터 그 설립이 허용되는 경우로서 형식적인 허가 및 인가 등이 없었다 하더라도 실제 지휘, 감독을 받은 사실이 있는 때에는 정부의 허가 또는 인가를 받은 것으로 해석하고, 국세기본법상 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 실질과세 원칙을 적용하고 있다. 현재 전국적으로 미인가 대안학교가 점점 증가하는 추세이고 대안학교의 설립·운영에 관한 규정에서 정한 대안학교의 설립·운영에 필요한 교사·교지 임대 미허용 등 설립기준, 교원, 교육과정 등의 인가요건을 맞추기 어려워 인가받지 않고 운영하는 미인가 대안학교가 대다수이다.
학생의 다양한 교육기회보장과 학습권 보호, 대안교육기관의 내실 있는 운영을 위하여 2021. 1. 12 대안교육기관에 관한 법률이 공포되어 1년 후부터 시행되는데 이는 현 법률의 문제점을 보완하여 까다로운 인가절차에서 등록절차로 변경하는 것이다. 결국 정부에서도 현 대안학교의 설립인가규정에 문제점이 있음을 인지하고 등록절차로 변경된 법률을 공포하였는바, 교육용역의 부가가치세 면제대상을 판단할 때, 형식적인 인가절차가 아닌 실질적으로 주무관청으로부터 지휘, 감독을 받고, 학생들에게 올바르게 교육용역을 제공하는지를 기준으로 판단하여야 한다며, 이미 면세법인 사업자등록증을 교부받아 이 건 부가가치세가 과세처분 되기 전까지 부가가치세 납세에 대한 안내, 지도를 받은 사실이 없으며, 수년 전 법인세통합조사를 받았을 때에도 청구법인의 교육용역의 면세에 대한 언급 없이 면세가 유지된 것은 공적인 견해를 묵시적으로 표명한 것으로 신의 성실 원칙을 위배한 것이라고 주장했다.(다음 회)
02)742-6241~2
김진호 장로
•광석교회
•총회 세정대책위 전 위원장
•세무사